Η βιομηχανική εκτροφή των ζώων δημιουργεί συνθήκες κατάλληλες για την εμφάνιση νέων τύπων ιών, οι οποίοι μπορούν στη συνέχεια να μεταδοθούν στον άνθρωπο, για παράδειγμα στους εργαζόμενους στα σφαγεία και στις κτηνοτροφικές μονάδες. Η γρίπη των πτηνών και η γρίπη των χοίρων αποτελούν παραδείγματα ιογενών ασθενειών που μεταδόθηκαν από τις βιομηχανικές εκτροφές στον ανθρώπινο πληθυσμό.

Η εντατική κτηνοτροφία ευνοεί επίσης την εξάπλωση της ανθεκτικότητας στα αντιμικροβιακά φάρμακα (antimicrobial resistance – AMR), δηλαδή την ανάπτυξη στελεχών βακτηρίων και άλλων παθογόνων, που είναι ανθεκτικά στα αντιβιοτικά.

Αυτή η διαδικασία επιταχύνεται από την υπερβολική χρήση αντιβιοτικών στην εντατική κτηνοτροφία, όπου χρησιμοποιούνται συστηματικά όχι μόνο για τη θεραπεία ασθενειών, αλλά και για την πρόληψη επιδημιών που προκαλούνται από τον συνωστισμό και τις ανθυγιεινές συνθήκες, ενώ σε πολλές χώρες χρησιμοποιούνται για την αύξηση του βάρους των ζώων. Στην τελευταία περίπτωση τα αντιβιοτικά χορηγούνται τακτικά με την τροφή, μια πρακτική που έχει βέβαια απαγορευθεί στην Ε.Ε. από το 2006, όμως από τα επίσημα διαθέσιμα  στοιχεία δεν είναι σαφές αν εφαρμόζεται η απαγόρευση αυτή. Σε πολλές άλλες χώρες δεν εφαρμόζονται τέτοιες απαγορεύσεις.

Οι παραπάνω πρακτικές συμβάλλουν στην αυξανόμενη ανάπτυξη παθογόνων (που ονομάζονται «υπερμικρόβια») τα οποία δεν μπορούν πλέον να ελεγχθούν με τα γνωστά σύγχρονα φάρμακα, ενώ μπορούν να μεταδοθούν και στους ανθρώπους. Με τη διάθεση των αποβλήτων των κτηνοτροφικών μονάδων στο έδαφος ή στα νερά, τα υπερμικρόβια μπορούν να μολύνουν τους ανθρώπους μέσω της τροφής, του νερού ή ακόμη και της αναψυχής.

Υπάρχει όμως και συνέχεια. Ήδη από τη δεκαετία του 2000 είναι γνωστό ότι με τα απόβλητα των κτηνοτροφικών μονάδων απελευθερώνονται στο έδαφος, στα νερά και γενικότερα στο περιβάλλον “γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά” (antibiotic resistance genes -ARGs), δηλαδή τμήματα DNA που προέρχονται από βακτήρια, αλλά μπορούν να βρίσκονται και στο περιβάλλον ως ελεύθερο γενετικό υλικό. Τα γονίδια αυτά μπορούν με διάφορους μηχανισμούς να μεταφέρονται σε άλλα βακτήρια. Την ίδια ώρα, η ύπαρξη υπολειμμάτων αντιβιοτικών στα νερά έστω και σε χαμηλή συγκέντρωση επιβάλει μια επιλεκτική πίεση στα ήδη υπάρχοντα βακτήρια, ωθώντας τα στην ανάπτυξη ανθεκτικότητας. Με τις διαδικασίες αυτές επιταχύνεται η ανάπτυξη ανθεκτικότητας σε περισσότερους τύπους βακτηρίων, που στη συνέχεια μπορούν να μολύνουν τους ανθρώπους μέσω της τροφής ή του νερού. 

Η ανθεκτικότητα των βακτηρίων στα αντιβιοτικά καθιστά πολύ πιο δύσκολη τη θεραπεία των λοιμώξεων και καθιστά επικίνδυνη την εφαρμογή πολλών ιατρικών θεραπειών. Υπολογίζεται ότι είναι άμεσα υπεύθυνη για περισσότερους από 1  εκατομμύρια θανάτους παγκοσμίως κάθε χρόνο, αριθμός που αναμένεται να αυξηθεί σημαντικά στο μέλλον. Σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας (ΠΟΥ), τα ανθεκτικά στα αντιμικροβιακά φάρμακα «υπερμικρόβια» αποτελούν μία από τις 10 μεγαλύτερες παγκόσμιες απειλές για τη δημόσια υγεία που αντιμετωπίζει η ανθρωπότητα. Ο ΠΟΥ προειδοποιεί ότι, χωρίς άμεση δράση, ο κόσμος οδεύει προς μια «μετα-αντιβιοτική εποχή», όπου οι κοινές λοιμώξεις και οι ελαφροί τραυματισμοί θα μπορούσαν και πάλι να αποβαίνουν θανατηφόρα.